طالبان تا زمانی که به قدرت نرسیده بودند، اهداف و منافع مشترکی با پاکستان داشتند و در جهت بی‌ثبات‌سازی نظام جمهوریت فعالیت می‌کردند. پاکستان از سال‌ها پیش در پی بی‌ثباتی در افغانستان بوده است؛ به‌گونه‌ای که استفاده ابزاری از گروه‌های مجاهدین و سپس طالبان، به‌ویژه در دهه ۹۰ میلادی، در تامین منافع آن کشور نقش اساسی داشته است. بربنیاد دکترین امنیت ملی پاکستان، بی‌ثباتی در افغانستان در واقع بخشی از تامین «عمق استراتژیک» آن کشور به‌ویژه برای جلوگیری از نفوذ هند و تهدیدات ناشی از آن در منطقه به‌شمار می‌رود.
پاکستان با درنظرگرفتن تجربه دهه ۹۰ و دوره حکومت مجاهدین، برای دستیابی به اهداف استراتژیک خود در افغانستان، به‌گونه سیستماتیک از طالبان در برابر نظام جمهوریت حمایت کرد تا بتواند زمینه بازی‌های استخباراتی خود را فراهم کند. هرچند ظهور طالبان در دهه ۹۰ تا حد زیادی ناشی از عدم تمکین و چندپارچه‌گی سران مجاهدین بود، اما ادامه جنگ‌های داخلی و نبود اتحاد میان گروه‌های جهادی، پاکستان را به این باور رساند که سران مجاهدین دیگر قادر نیستند به‌طور یک‌پارچه در راستای منافع اسلام‌آباد عمل کنند. ازاین‌رو، حمایت از طالبان یگانه گزینه توجیه‌پذیر برای پاکستان به‌نظر می‌رسید.
طالبان در دوره نخست حاکمیت‌شان (۱۹۹۶-۲۰۰۱) تمام مناسبات خارجی خود را از طریق پاکستان پیش می‌بردند و به‌شدت زیر نفوذ آن کشور قرار داشتند. در آن زمان تنها چند کشور طالبان را به‌رسمیت شناختند که نقش پاکستان در آن برجسته بود. اما در سال ۲۰۱۱، زمانی که قطر به‌عنوان میانجی برای طالبان زمینه گشایش «دفتر سیاسی» را فراهم کرد، طالبان توانستند روابط خود را با کشورهای منطقه و جهان، به‌ویژه با نهادهای استخباراتی قدرت‌های بزرگ، گسترش دهند. در نتیجه، طالبان تا حدی از زیر یوغ آی‌اس‌آی بیرون آمدند و کوشیدند مستقلانه وارد تعاملات بین‌المللی شوند. با این حال، ورود طالبان به مذاکرات با ایالات متحده و امضای توافق‌نامه دوحه با تبانی غیرمستقیم پاکستان انجام شد. اسلام‌آباد در آن زمان از این‌که در مذاکرات به‌طور رسمی حضور نداشت، نگران بود، زیرا طالبان مستقیماً با امریکا وارد گفت‌وگو شده بودند. با آن هم، برای پاکستان روی‌کارآمدن دوباره طالبان به‌مراتب بهتر از تشکیل یک حکومت ائتلافی با حضور سران مجاهدین یا دولت پیشین افغانستان بود.
با وجود آن‌که طالبان در دوره نخست حاکمیت‌شان در پی تامین منافع پاکستان بودند، در لحظات پایانی فروپاشی رژیم‌شان، رهبران طالبان از سوی پاکستان به نیروهای امریکایی تحویل داده شدند. این تجربه برای طالبان به‌مثابه زخم تلخ از خیانت پاکستان در ذهن مانده است. با وجود وابسته‌گی کنونی طالبان به پاکستان، همین خاطره تلخ سبب شده که طالبان در دوره دوم حاکمیت‌شان روابط پرفرازوفرود با پاکستان داشته باشند.
از سوی دیگر، طالبان و پاکستان از یکدیگر به‌گونه ابزاری برای پیش‌برد منافع‌شان استفاده می‌کنند. طالبان دریافته‌اند که اگر بار دیگر به‌طور مطلق به پاکستان وابسته شوند، سرنوشت تلخ گذشته تکرار خواهد شد. ازهمین‌رو، می‌کوشند با کشورهای منطقه و جهان نیز تعاملات مستقلانه‌ای داشته باشند. نارضایتی پاکستان از طالبان که از همان آغاز بازگشت طالبان به قدرت آشکار بود، در چهار سال گذشته نه‌تنها کاهش نیافته، بلکه افزایش یافته و رسانه‌ای هم شده است.
منصور احمد خان، سفیر پیشین پاکستان در کابل، اخیراً گفته است: «محاسبات اسلام‌آباد درباره طالبان پس از سقوط جمهوریت نادرست بود. تصور دولت پاکستان این بود که اوضاع افغانستان با روی‌کارآمدن طالبان بهبود می‌یابد، اما این یک محاسبه نادرست ثابت شد و ما اکنون بهای اشتباه خود را می‌پردازیم.» منظور او این است که ناامنی‌های اخیر در پاکستان، به‌ویژه تشدید حملات تحریک طالبان پاکستان (تی‌تی‌پی) میان سال‌های ۲۰۲۳ تا ۲۰۲۵، ناشی از قدرت گرفتن طالبان در افغانستان است.
پاکستان بارها طالبان را به حمایت از تی‌تی‌پی متهم کرده، اما طالبان این اتهامات را رد کرده‌اند. منصور احمد خان همچنین گفته است: «طالبان کنونی با طالبان دهه ۱۹۹۰ تفاوت قابل‌ملاحظه دارند.» منظور او این است که طالبان دهه ۹۰ کاملاً وابسته به پاکستان بودند، اما طالبان کنونی نه‌تنها با پاکستان، بلکه با چند کشور و بازی‌گر منطقه‌ای و فرامنطقه‌ای نیز در تعامل هستند.
تحولات اخیر منطقه نشان می‌دهد که مناسبات پاکستان و طالبان بار دیگر دستخوش دگرگونی شده است. تیره‌گی روابط کنونی با افزایش حملات طالبان پاکستان در مناطق مرزی شمال‌غرب این کشور همزمان شده است. رسانه‌ها گزارش داده‌اند که قرار است محمد صادق، نماینده ویژه پاکستان برای افغانستان، به‌زودی وارد کابل شود و پیام تند آی‌اس‌آی را به طالبان برساند.
ممکن است طالبان در ظاهر به این پیام تند پاسخ مثبت بدهند و اجازه بمباران مواضع طالبان پاکستانی را برای نیروهای پاکستان صادر کنند، اما در مجموع، سیاست طالبان در قبال پاکستان همچنان چندگانه خواهد بود؛ زیرا طالبان از یک‌سو نمی‌خواهند به‌خاطر ملاحظات امنیتی و بازدارنده‌گی از حمایت تی‌تی‌پی دست بکشند و از سوی دیگر نمی‌خواهند دوباره کاملاً زیر سلطه پاکستان قرار گیرند.
بربنیاد آمار انستیتوت تحقیقات امنیت و منازعه در پاکستان، تنها در سال جاری میلادی حدود ۵۰۲ حمله از سوی شبه‌نظامیان در پاکستان صورت گرفته که در این حملات ۲۸۴ نیروی امنیتی، ۲۶۷ غیرنظامی، ۱۸۰ شبه‌نظامی و شش عضو یک کمیسیون صلح کشته شده‌اند. در مجموع، این حملات باعث زخمی شدن حدود ۹۹۰ غیرنظامی و عضو نیروهای امنیتی شده است؛ آماری که نشان می‌دهد امنیت پاکستان در پیوند مستقیم با روابط پرتنش این کشور با طالبان افغانستان قرار گرفته است.
