دو روحانی برجسته شیعه نسبت به ادامه سرکوب مذهبی اعتراض کرده و گفته‌اند که فشارها بر پیروان مذهب جعفری افزایش یافته است. آنا تاکید کرده اند که مردم از فشارهایی که از سوی طالبان بر آنان وارد می‌شود، اشک می‌ریزند. طالبان در پنج سال گذشته همزمان با سرکوب گسترده شهروندان، به اعمال محدودیت‌ها علیه شیعیان و پیروان سایر مذاهب در افغانستان نیز ادامه داده‌اند. این گروه در ادامه سیاست‌های حذف و سرکوب مذهبی، در سال جاری از تمامی دانشجویان دانشگاه‌های دولتی و خصوصی تعهد اجباری گرفته است که براساس فقه حنفی رفتار کنند. پیش از این، وزیر تحصیلات عالی طالبان ادعا کرده بود که در افغانستان همه مردم پیرو مذهب حنفی هستند و وجود سایر مذاهب را انکار کرده است.
آیت‌الله غلام عباس واعظ‌زاده بهسودی، از مراجع تقلید شیعیان افغانستان، در خطبه نماز عید نسبت به رفتار طالبان علیه شیعیان اعتراض کرده است. به گفته او، این فشارها به صلاح کشور نیست و «وقتی فشار زیاد شود، خواهی‌نخواهی انفجار رخ می‌دهد و نباید کار به انفجار برسد.» او تاکید کرده که مردم به علما مراجعه می‌کنند و از فشارهایی که بر آنان وارد می‌شود، اشک می‌ریزند.
آقای بهسودی افزوده است که طالبان با وجود ادعای «پایبندی به شریعت و دینداری»، فشارهای مذهبی بر شیعیان را روزبه‌روز افزایش می‌دهند. به گفته او، این اقدام باعث شده است مردم با چشمان «اشک‌بار» نزد علما مراجعه کنند و از محدودیت‌ها و فشارهایی که بر آنان تحمیل می‌شود شکایت داشته باشند.
این روحانی برجسته شیعه افزوده است:«از سویی می‌گویند که شما در مدیا (رسانه) صحبت نکنید، خیلی خوب ما تقریبا دو سال است که در مدیا صحبت نکردیم، ولی مراجعه مردم را چه کار بکنیم؟ مردم به‌عنوان مرجع تقلیدشان پیش ما مراجعه می‌کنند، از ظلم کوچی پیش ما اشک می‌ریزند، از فشارهای مذهبی پیش ما اشک می‌ریزند، ما چه کار بکنیم؟ این درد دل مردم را به شما نگوییم به کی بگوییم؟»
این مرجع تقلید شیعیان هشدار داده است که این برخوردها نه‌تنها باید کاهش یابد، بلکه لازم است به‌طور کامل متوقف شود. به گفته او، در برخی موارد حتا حرمت علما نیز رعایت نشده و شماری از عالمان برجسته احضار شده‌اند تا تعهد بدهند عقد موقت نخوانند؛ در حالی‌که پیروان فقه جعفری خود را مکلف به اجرای باورها و دستورهای مذهبی‌شان می‌دانند.
این روحانی برجسته شیعه گفته است که طالبان دانشجویان را در دانشگاه‌ها نیز تحت فشار قرار داده‌اند تا مذهب حنفی را بپذیرند. به گفته او، موضوع مذهب برای مردم «خط قرمز» است و نه قابل معامله است و نه می‌توان از آن چشم‌پوشی کرد. او تاکید کرده است که تغییر مذهب با زور، فشار و اجبار ممکن نیست و چنین سیاست‌هایی تنها فاصله‌ها را بیشتر می‌کند. او پرسیده است: «اگر کسی نماز تراویح را منع کند، برای طالبان چقدر سخت تمام می‌شود؟»
واعظ‌زاده بهسودی همچنین گفته است که علمای شیعه در این مدت نتوانسته‌اند با مقام‌های ارشد طالبان دیدار کنند. به گفته او، عالمان دینی شیعه حدود دو سال پیش نامه‌ای ۲۰۰ صفحه‌ای به رهبر طالبان ارسال کرده‌اند، اما تا کنون هیچ پاسخی دریافت نکرده‌اند. او افزوده است: «نه به نامه ما پاسخ داده می‌شود، نه وقت ملاقات می‌دهند و از سوی دیگر هم می‌گویند در رسانه‌ها صحبت نکنید.»
این مرجع تقلید شیعیان تاکید کرده است که در جریان دو سال گذشته در رسانه‌ها سکوت کرده بود، اما افزایش فشارها و مراجعه مداوم مردم باعث شد این سکوت را بشکند. او همچنین به فشارهای دیگری از سوی طالبان علیه مردم اعتراض کرده و گفته است که این گروه از طریق جمع‌آوری سلاح بر مردم فشار وارد می‌کند. به گفته او، در مرحله نخست مردم تمامی سلاح‌های دولتی را تحویل دادند و در مرحله دوم نیز سلاح‌های شخصی آنان جمع‌آوری شد، در حالی که مقام‌های طالبان تعهد کرده بودند مردم سلاح شخصی خود را تحویل ندهند. او افزوده است که اکنون مرحله سوم آغاز شده و برخی افراد پایین‌رتبه طالبان مردم را مجبور می‌کنند در بدل سلاح پول بپردازند.
آقای بهسودی همچنین از آموزش و تحصیل دختران حمایت کرده و گفته که مخالفت با تحصیل و آموزش زنان در هیچ دین و آیینی جایگاهی ندارد. او تاکید کرده است که عالمان دینی شیعه دیگر به طالبان مشوره و توصیه نخواهند کرد و این سخنان را «آخرین درخواست» خود خوانده است. او افزوده است: «در این سال‌ها بارها نصیحت، خیرخواهی، مشوره و راهنمایی کردیم، اما گوش طالبان کر است.»
این مرجع تقلید شیعیان افغانستان همچنین گفته است که موضوع کوچی‌ها یک معضل تاریخی و جنجالی است و سال گذشته نیز شماری از افراد بی‌گناه در درگیری‌های میان کوچی‌ها و ده‌نشین‌ها کشته شدند. او از طالبان خواسته است توافق‌نامه‌ای را که سه سال پیش میان نماینده‌گان کوچی‌ها و ده‌نشین‌ها با حضور مقام‌های محلی غزنی امضا شده بود، عملی کنند. به گفته او، براساس این توافق، کوچی‌های مسلح نباید وارد مناطق مسکونی شوند. او افزوده است که با وجود این توافق، هنوز هم کوچی‌های مسلح وارد این مناطق می‌شوند. این عالم دینی همچنین خواستار پرداخت دیه یا اجرای قصاص برای قربانیان درگیری‌های سال گذشته میان کوچی‌ها و ده‌نشین‌ها شد.
این روحانی برجسته شیعه در حالی از وضعیت موجود به‌شدت اعتراض می‌کند که در چهارم قوس ۱۴۰۰ در تجمعی حدود دو هزار نفری که از سوی شیعیان برای حمایت از طالبان برگزار شده بود، حضور یافته و حمایت خود را از تلاش‌ها برای طرح مطالبات و نماینده‌گی جامعه هزاره در برابر طالبان اعلام کرده بود.
همزمان آیت‌الله سیدمحسن حجت، از روحانیون برجسته شیعه در افغانستان، با اشاره تلویحی به تعهدنامه‌ای که وزارت تحصیلات عالی طالبان دانشجویان را مجبور به امضای آن کرده، گفته است: «این معنا ندارد که در دانشگاه‌ها دست مردم فرم بدهند که بنویسند من ملتزم می‌شوم به مذهب حنفی عمل کنم. این خلاف شریعت است. مذهب که دین نیست، مذهب راهی به سوی دین است. ما ملتزم هستیم به اسلام عمل کنیم. یکی از راه مذهب حنفی به اسلام عمل می‌کند و یکی از راه مذهب جعفری به اسلام عمل می‌کند؛ هر دو مقصد یکی است، راه مختلف است… شما می‌توانید به یک حنفی بگویید که بنویسد و امضا کند که ملتزم می‌شود مطابق مذهب جعفری عمل کند؟ همان‌طور که او امضا نمی‌کند، ما هم نمی‌توانیم.»
علمای شیعه در حالی از تشدید فشارهای مذهبی اعتراض دارند که هبت‌الله آخوندزاده، رهبر طالبان، حتا در سراسر افغانستان در شوراهایی که زیر نام «شورای علما» ایجاد کرده است، هیچ روحانی شیعه را به عضویت این شوراها درنیافته است.
این نگرانی‌ها در حالی مطرح می‌شود که پیش از این دفتر هیات معاونت سازمان ملل در افغانستان (یوناما) در گزارشی اعلام کرده بود طالبان ده‌ها تن از پیروان مذهب اسماعیلیه را مجبور به ترک مذهب کرده‌اند. براساس این گزارش، طالبان در بدخشان این افراد را شب‌هنگام از خانه‌هایشان بازداشت کرده و درباره مسایل دینی مورد بازجویی قرار داده‌اند.
همچنین پیش از این، طالبان یک تعهدنامه اجباری ۱۴ ماده‌ای را به دانشجویان دانشگاه‌ها ارایه کرده‌اند که براساس آن، تمام دانشجویان باید از مذهب سنی پیروی کرده، آن را بپذیرند و هیچ پرسشی در این زمینه مطرح نکنند. در ماده ششم این تعهدنامه آمده است: «توجه بر این‌که مردم افغانستان پیرو مذهب اهل سنت و الجماعت، در مذهب امام صاحب اعظم ابوحنیفه هستند، طبق خواست نظام [رژیم طالبان]، من نیز تابع مذهب مذکور می‌باشم و اطاعت می‌کنم.»
پیش از این، ندامحمد ندیم، وزیر تحصیلات عالی طالبان، ادعا کرده است که در افغانستان به جز مذهب حنفی، دیگر مذهبی وجود ندارد. به گفته او، «تمام افغان‌ها پیرو مذهب حنفی‌اند.»
ضیاءالله هاشمی، سخنگوی وزارت تحصیلات عالی طالبان، بخش‌هایی از سخنرانی این مقام طالبان را در شبکه اجتماعی ایکس منتشر کرده که نشان می‌دهد او سایر مذهب‌ها را در افغانستان انکار می‌کند.
همچنین نورمحمد اسلام‌جار، والی طالبان در هرات، در کتابی تحت نام «مباحث فی العقیده الماتریدیه المسمى معتمد ماترید من معتقد ماترید»، شیعیان را «فرقه تکفیری» و «در طول تاریخ همدست کفار» توصیف کرده است.
این اظهارات در حالی مطرح می‌شود که پیش از این، کمیسیون بین‌المللی آزادی مذهبی امریکا (USCIRF) در گزارشی تحت عنوان «آزادی مذهبی و حقوق زنان در افغانستان» گفته که با تسلط طالبان، آزادی مذهبی شهروندان افغانستان محدود شده است.
همچنان مجمع آسیایی برای حقوق بشر و توسعه گفته است که طالبان آزادی مذهبی و عقیدتی شیعیان را ممنوع کرده‌اند.
طالبان در حال حاضر تدریس فقه جعفری را که در شماری از دانشگاه‌های کشور تدریس می‌شد، منع کرده و درخواست‌ها در این باره را نیز نپذیرفته‌اند.
