با سلطه طالبان بر افغانستان، نگرانی‌ها از انتقام‌جویی و برخورد ایدیولوژیک این گروه علیه استادان دانشگاه‌ها و نصاب تحصیلی تشدید شده است. در حدود سه و نیم سال گذشته، این گروه علاوه بر تغییر نصاب تحصیلی، با برخوردهای ایدیولوژیک و قومی، شمار زیادی از استادان دانشگاه‌ها را برکنار کرده یا خودشان مجبور به ترک دانشگاه‌ها شده‌اند. در تازه‌ترین مورد، طالبان ۱۲ استاد «دانشگاه سید جمال‌الدین افغان» در ولایت کنر را به دلیل «سلفی بودن» برکنار کرده‌اند. از این تعداد، ۸ تن استاد دانشکده شرعیات، ۲ تن از دانشکده زراعت و ۲ تن دیگر از دانشکده تعلیم و تربیه این ولایت بوده‌اند. با این حال، برخی از استادان و دانش‌جویان می‌گویند که وضعیت آینده نظام تحصیلی کشور با روش طالبانی تاریک و در عین حال خطرناک خواهد بود. به گفته آنان، امید و انگیزه میان دانش‌جویان و استادان در حال نابودی است و اکثریت تلاش می‌کنند راهی برای بیرون شدن از کشور پیدا کنند. به باور آنان، رفتارهای طالبان با دانشگاه‌ها و نهادهای اکادمیک، مصداق مدرسه‌سازی این نهادهاست.
طالبان به دنبال انتقام‌جویی و طالبانیزه کردن دانشگاه‌ها از طریق حذف استادان مخالف ایدیولوژی‌شان هستند. این گروه علاوه بر برکناری برخی از استادان دانشگاه‌ها به دلیل تعلقات فکری به جریان‌های سیاسی، استادانی را که به گفته این گروه، سلفی‌مذهب بوده‌اند، از کار برکنار کرده است. در تازه‌ترین مورد، طالبان ۱۲ تن از استادان «دانشگاه سید جمال‌الدین افغان» در ولایت کنر را به دلیل سلفی بودن از کار برکنار کرده‌اند.
منابع به روزنامه ۸صبح گفته‌اند که ۸ تن از استادان دانشکده شرعیات، ۲ تن از دانشکده زراعت و ۲ تن دیگر از دانشکده تعلیم و تربیه ولایت کنر به اتهام سلفی بودن از سوی طالبان برکنار شده‌اند. به گفته منابع، شاهدالله، عبدالهادی نورستانی، نورالحق، نعمت‌الله محسن، ضیاالرحمان، فضل‌الرحمان صافی، عبداللطیف عابد، عبدالله نوری و حمیدالله از استادانی هستند که توسط طالبان به اتهام سلفی بودن منفک شده‌اند.
این اقدام در حالی صورت می‌گیرد که برخی از منابع در دانشگاه کابل از وضعیت رقت‌بار تحصیلی در این مرکز علمی کشور سخن می‌گویند. به گفته منابع، وضعیت تحصیلی و نصاب درسی در دانشگاه‌های کشور بدتر از آن‌چه که در رسانه‌ها بازتاب می‌یابد، است.
این منابع تصریح می‌کنند که در کنار برخوردهای ایدیولوژیک و رفتار ناشایست با استادان، روند جابه‌جایی ملاهای طالبان به‌عنوان استاد در دانشگاه‌های کشور به شدت ادامه دارد. منابع همچنین طالبان را به برخوردهای شدید قومی و زبانی در دانشگاه‌ها متهم می‌کنند و می‌گویند که بسیاری از استادان مجبور شده‌اند خودشان از وظایف خود کناره‌گیری کنند.
این در حالی است که پیش از این، طالبان استادان دانشگاه‌ها را که به خارج رفته بودند، به‌طور گسترده منفک کرده‌اند. طالبان همچنین حدود ۵۰ استاد دانشگاه در بلخ و ۳۰۰ استاد دانشگاه هرات و ده‌ها تن از استادان دانشگاه‌های دیگر را منفک کرده‌اند. علاوه بر این، برخی از استادانی که در بورسیه‌های تحصیلی به خارج رفته‌اند، طالبان به جای آنان افراد وابسته به خود را مقرر کرده‌اند.
در همین حال، برخی از دانش‌جویان و استادان دانشگاه‌ها در کشور می‌گویند که طالبان روند تبدیل دانشگاه‌ها به مدارس را به شدت دنبال کرده‌اند. به گفته آنان، در کنار برکناری استادان، تغییر نصاب آموزشی، برخوردهای ایدیولوژیک و ترجیح دادن ملاها به جای استادان متخصص و شایسته در تقرری‌ها، بی‌قانونی و تسلط ملاها بر وضعیت، به‌گونه‌ای عیار شده که استادان خودشان مجبور به ترک دانشگاه‌ها شده‌اند.
احمد، دانش‌جوی یکی از دانشگاه‌ها، می‌گوید که وضعیت تحصیلی در دانشگاه‌ها رقت‌بار است. به گفته او، در کنار برکناری استادان متخصص و تقرر ملاها، علاقه‌مندی دانش‌جویان و استادان به درس و تحقیق نیز به شدت کاهش یافته است. او می‌گوید: «نظام تحصیلی در واقع از هم پاشیده است. همه به فکر فرار از کشور هستند؛ از معلم تا شاگرد، همه ناامیدند و می‌خواهند یک راه برای خروج پیدا کنند.»
عظیمه (نام مستعار)، یکی از استادان دانشگاه که به دلیل ممنوعیت‌های طالبان بیش از دو سال است از تدریس منع شده است، می‌گوید که وضعیت دانشگاه‌ها نگران‌کننده است. به گفته او، اکثریت استادان زن به دلیل برخوردهای زن‌ستیزانه طالبان برکنار شده‌اند و به جای آنان افراد ایدیولوژیک و وابسته به طالبان مقرر شده‌اند. او هشدار می‌دهد که با چنین روش و رویکردی، آینده تحصیلات عالی به شدت تاریک و در عین حال خطرناک خواهد بود.
این نگرانی‌ها در حالی مطرح می‌شود که پیش از این، ندا محمد ندیم، سرپرست وزارت تحصیلات عالی طالبان، در اظهارات خود اخذ امتحان از اعضای طالبان برای تثبیت رتبه علمی آن‌ها را «بی‌احترامی به علما» خوانده بود. او گفته بود که «درجه علمی» یک «مجاهد طالبان» باید براساس تعداد مین‌گذاری‌هایی که انجام داده محاسبه شود. او همچنین تشویق آموزش زنان از سوی امان‌الله خان را «آوردن نسخه عیاشی و فحاشی به افغانستان» دانسته بود.
به‌تازه‌گی روزنامه ۸صبح در گزارش دیگری از یک نوار صوتی سخنرانی هبت‌الله آخوندزاده خبر داده است که او پیش از ورود به قندهار، خواهان بسته شدن مکاتب به‌روی دختران و پسران بوده است. هبت‌الله در این سخنرانی خود مکتب و مدرسه را مقایسه کرده و می‌گوید که مکتب در تضاد با مدرسه ساخته شده است و طالبان باید به جای مکتب، مدرسه بسازند و فرزندان خود را به آن بفرستند. او همچنین ادعا می‌کند که مکتب اخلاق را خراب می‌کند. هبت‌الله در این سخنرانی علم مکتب را «علم شکم» می‌داند.
رهبر طالبان پس از فرمان‌های متعدد علیه زنان و دختران، دستور منع آموزش آنان را در انستیتوت‌های طبی صادر کرده است که با واکنش‌های گسترده داخلی و خارجی مواجه شده است. همچنین منابع قبلاً به روزنامه ۸صبح گفته بودند که هبت‌الله تصمیم دارد در سال جدید تعلیمی به دختران بالاتر از ۱۳ سال که تا صنف ششم اجازه درس خواندن دارند، اجازه ندهد به مکتب بروند. منابع به نقل از هبت‌الله گفته‌اند که دختران ۱۳ سال به «شرایط نکاح» برابر هستند.
همچنین قبلاً روزنامه ۸صبح به نسخه‌ای از گزارش «کمیته بازنگری نصاب مکاتب عصری» طالبان دست یافته بود که نشان می‌داد طالبان نصاب تعلیمی را متناسب با ایدیولوژی خود تغییر داده‌اند. در این نصاب، طالبان تصاویری از موجودات زنده و مسایل حقوق بشری را حذف کرده‌اند. براساس این نصاب، خون‌ریزی و تخریب توجیه شده و مردم به جهاد تشویق شده‌اند. طالبان همچنین مخالفت صریح خود را با آموزش و آزادی‌های زنان بیان کرده‌اند. علاوه بر این، محدود کردن محتوا به دنیای اسلام و ستیز با جهان غیراسلامی، به‌ویژه غرب، از پیشنهادهای اصلی این کمیته طالبان در نصاب تعلیمی بوده است.
پیش از این، یک رسانه پاکستانی به‌نام سما تی‌وی به قول یکی از دانش‌آموزان مدرسه «ترتیل‌القرآن» در ننگرهار گزارش داده است که این مدرسه دینی در آموزش بمب‌گذاری انتحاری تخصص دارد.
هبت‌الله آخوندزاده، رهبر طالبان، قبلاً در فرمانی دستور داده است که هر مدرسه دینی این گروه باید یک خوابگاه مجهز با ظرفیت پذیرش ۵۰۰ تا ۱۰۰۰ طالب داشته باشد و برای هر فرد روزانه ۱۵۰ افغانی اعانه نیز در نظر گرفته شود. براساس این فرمان، هر مدرسه دینی و جهادی باید دست‌کم ۱۰ آموزگار داشته باشد.
