وزارت تحصیلات عالی تحت کنترل طالبان به همه دانشگاه‌های کشور دستور داده است که کتاب‌خانه‌های خود را از کتاب‌های دوران جمهوریت تصفیه و به جای آن‌ها کتاب «سیرت» را جابه‌جا کنند. یک نسخه از نامه این وزارت به دسترس روزنامه ۸صبح قرار گرفته که نشان می‌دهد در آن از کتاب‌های سلفی‌ها، تحریری‌ها، شیعه‌ها و مخالفان سیاسی دوران جمهوریت نام برده شده است. سرپرست وزارت تحصیلات عالی طالبان دستور داده که پیش از تصفیه، فهرست کتاب‌ها را با او شریک سازند. این در حالی است که او مانع سفر حدود ۵۰۰ دانشجوی پسر به روسیه نیز شده است. سرپرست وزارت تحصیلات عالی طالبان به دانشجویان گفته که «مسلمان می‌روید و کمونیست بر‌می‌گردید.» این مقام طالبان همچنان گفته است که درجه علمی یک طالب را باید از تعداد ماین‌هایی محاسبه کرد که در بیست سال گذشته کارگذاری کرده است.
وزارت تحصیلات عالی تحت کنترل طالبان به دنبال استخدام ملاامامان و مبلغان و اعمال ممنوعیت‌های گسترده علیه دانشگاه‌ها، دستور تصفیه کتاب‌های نهادهای تحصیلی را صادر کرده است. یک نسخه از نامه وزارت تحصیلات عالی که به دسترس روزنامه ۸صبح قرار گرفته، نشان می‌دهد که همه دانشگاه‌های کشور مکلف به اجرای این حکم شده‌اند.
در نامه وزارت تحصیلات عالی تحت کنترل طالبان آمده است که همه دانشگاه‌ها باید از کتاب‌های مربوط به جریان سلفی‌ها، تحریری‌ها، شیعه‌ها، حزبی‌ها و دوره جمهوریت پاک‌سازی و به جای آن‌ها کتاب‌های سیرت جابه‌جا گردد.
در نامه‌ای که به تاریخ ۲۸/۴/۱۴۴۵ به امضای ندامحمد ندیم، سرپرست وزارت تحصیلات عالی طالبان، به زبان پشتو صادر شده، آمده است: «به تمام دانشگاه‌های اماراتی [طالبان] رسانده می‌شود که تمام کتاب‌خانه‌های خود را تصفیه حساب کنید که در آن سلفی‌ها، تحریری‌ها، شیعه‌گان، حزبی‌ها و مخالفان جمهوریت را جمع‌آوری کنید و به جای آن کتاب‌های سیرت خوب را جابه‌جا کنید.»
سرپرست طالبان برای وزارت تحصیلات عالی دستور داده که پیش از جابه‌جای کتاب‌ها، فهرست آن‌ها را به او در میان بگذارند. این در حالی است که رییس جدید‌التقرر طالبان برای دانشگاه تخار نیز دستور داده است تا از واژه‌های «دانشگاه» و «دانشکده» استفاده نشود.
کمال‌الدین منیب، رییس گماشته‌شده طالبان برای دانشگاه تخار، واژه‌های فارسی را مصطلحات بیگانه توصیف کرده، در حالی که در عین نامه از واژه‌ها و اصطلاحات انگلیسی استفاده کرده و آن را بیگانه نخوانده است.
در متن این نامه آمده است: «به تمام ادارات هدایت داده می‌شود که من‌بعد از کلمات بیگانه مثل «دانشگاه، دانشکده و غیره» جملات و اصطلاحات بیگانه که سبب تضعیف فرهنگ ملی ما می‌شود، در ترانسکریپت نمرات، دیپلوم، سرتیفیکیت و غیره استفاده نکنید.»
اعمال ممنوعیت‌های گسترده در وزارت تحصیلات عالی و تغییر نصاب تحصیلی، از نگرانی‌های عمده دانشجویان و استادان دانشگاه‌ها شمرده می‌شود. بسیاری از استادان دانشگاه‌ها آن‌چه را آنان اعمال زور و برخوردهای قومی طالبان عنوان می‌کنند، از کرسی استادی استعفا داده‌اند.
در تازه‌ترین مورد دکتر احمد‌شعیب مسلم‌یار، عضو کادر علمی دانشکده تعلیم و تربیه دانشگاه سمنگان، به دلیل وضع محدودیت‌های سخت‌گیرانه طالبان بر اعضای کادر علمی و مخالفت با واژه‌های «دانشگاه»، «پژوهش» و «آزمایشگاه»، استعفا داده است. آقای مسلم‌یار گفته که اعمال محدودیت‌های طالبان آزادی دانشگاه را زیر سوال برده و نگاه آمرانه این گروه در نظام دانشگاهی برایش پذیرفتنی نبوده است.
ندامحمد ندیم، سرپرست وزارت تحصیلات عالی تحت کنترل طالبان، همواره نگاه ایدیولوژیک به دانشگاه‌ها داشته است. او گفته که درجه علمی طالبان باید از تعداد ماین‌هایی محاسبه شود که در ۲۰ سال گذشته کارگذاری کرده‌اند. او در یک سخنرانی خود در دانشگاه هرات گفته که اخذ امتحان از اعضای طالبان برای تثبیت رتبه علمی «بی‌احترامی به علما» است.
این مقام طالبان همچنان در یکی از سخنرانی‌های خود گفته که اعضای جمعیت اصلاح، حزب التحریر، دموکرات‌ها و خارجی‌ها در دانشگاه‌ها «مطلقا جای ندارند» و اگر چنین کسانی در دانشگاه‌ها یافت شوند، «مجازات» خواهند شد.
ندامحمد ندیم که گفته می‌شود از وابسته‌گان کلیدی و نزدیکان ملا هبت‌الله آخوندزاده، رهبر طالبان شمرده می‌شود، در مدت ماموریتش در وزارت تحصیلات عالی همواره به دنبال گسترش دیدگاه‌های افراط‌گرایانه و طالبانیزه کردن دانشگاه‌ها بوده است. او پیش از این مکتب رفتن دختران «به سبک غربی» را مخالف «اسلامیت و افغانیت» خوانده است. او همچنان تشویق آموزش زنان از سوی امان‌الله خان، شاه سابق افغانستان را «آوردن نسخه عیاشی و فحاشی» توصیف کرده است.
این مقام طالبان پیوسته دیدگاه‌های منفی نسبت به وضعیت دانشگاه‌ها در نظام تحصیلی ارایه کرده است. او در مدتی که متصدی امور تحصیلات عالی بوده، کوشش کرده دانشگاه‌ها را به مراکز تبلیغ و ترویج تفکر طالبانی تبدیل کند. ندیم در یک سخنرانی خود در بدخشان گفته است که با آمدن او در وزارت تحصیلات عالی، فاصله میان دانشگاه و مدرسه از میان برداشته شده است.
ندامحمد ندیم، سرپرست وزارت تحصیلات عالی تحت کنترل طالبان، در سفرهای ولایتی خود دیدگاه‌های جنجال‌برانگیز داشته است. او در دانشگاه بغلان گفته است که حقوق زن و مرد باهم برابر نیست. ندیم افزوده است: «خداوند متعال در میان زن و مرد فرق آورده است. مرد که است، حاکم است، صاحب صلاحیت است، از او باید اطاعت شود و حرفش را باید زن قبول کند. زن با مرد برابر نیست؛ اما حالا از مرد او را بالاتر می‌سازند.» او همچنان گفته است که عالمان دینی جذب‌شده در دانشگاه‌ها، افزون بر شرعیات، مضمون‌های سیاسی و حقوقی را نیز تدریس کنند.
همچنان وزارت تحصیلات عالی زیر مدیریت طالبان قبلاً اعلام کرده است که در هر دانشگاه دولتی یک ملاامام مسجد و یک مبلغ دینی استخدام کرده است تا عقیده راسخ و قرائت را به استادان آموزش دهند. طالبان در بیش از دو سال گذشته در ۱۷ دانشگاه دولتی دانشکده شرعیات ایجاد کرده و مضمون ثقافت اسلامی در دانشگاه‌ها را از ۸ واحد به ۲۴ واحد درسی افزایش داده‌اند.
با تسلط طالبان بر افغانستان، این گروه همه قوانین حکومت پیشین را ملغا اعلام کرده است. ندیم در نشستی با استادان و کارمندان دانشگاه‌های زون شرق کشور گفته است که قوانین و مقررات مربوط به تحصیلات عالی حکومت پیشین، لغو شده است. او افزوده است: «اصول و مقررات نظام قبلی مطلقا لغو است، عمل بر آن نه جایز است، نه مناسب و نه ما آن را جایز می‌دانیم.» این گروه اما خود نیز قانون مشخصی برای تحصیلات عالی نساخته است و روشن نیست که نظام تحصیلی براساس کدام قوانین مدیریت می‌شود.
طالبان در بیش از دو سال گذشته، تغییرات گسترده‌ای در نهادهای تحصیلی کشور اعمال کرده‌اند. ممنوعیت تحصیل دختران و زنان، خانه‌نشینی استادان زن، حذف مضمون‌های تخصصی رشته‌ها و افزودن مضمون‌های دینی، ایجاد اداره بازبینی و اسلامی‌سازی مضمون‌های دانشگاه‌ها و ایجاد آمریت امر به معروف و نهی از منکر در دانشگاه‌ها، از تغییرات عمده طالبان در دانشگاه‌ها به حساب می‌رود. این گروه، همچنان از تغییر ۲۲ نصاب تحصیلی در نهادهای علمی کشور خبر داده است.
