شماری از پیروان مذهب شیعه در کشور از منع ورود کتابهای فقه جعفری به کشور و گردآوری این‌دست کتاب‌ها از کتاب‌خانه‌های دانشگاه‌های دولتی و خصوصی توسط طالبان، انتقاد می‌کنند. به گفته آنان، دسترسی به اطلاعات مذهبی حق هر شهروند است و طالبان با وضع محدودیت بر ورود کتابهای فقه جعفری به کشور و منع تدریس فقه این مذهب در دانشگاه‌ها، به آزادی مذهبی بی‌احترامی می‌کنند. با این حال، علمای شیعه انتقاد شهروندان نسبت به اقدامات تبعیض‌آمیز طالبان را به‌جا می‌خوانند و ابراز امیدواری می‌کنند که طالبان در سیاست‌های داخلی خود تغییرات به میان بیاورند و به همه مذاهب احترام قایل شوند.
مهدی، باشنده افشار دارالامان، یکی از مناطق عمدتاً شیعه‌نشین در کابل به روزنامه 8صبح می‌گوید: «طالبان نمی‌توانند با زور و محدودیت، یک مذهب را حذف کنند و یا عقیده مردم را تغییر دهند. محصلین شیعه و سنی حق دارند در مکتب و دانشگاه با مذهب خود آشنا شوند، در این زمینه تحقیق کنند و عقیده یک‌دیگر را به‌خوبی بدانند.» او می‌افزاید: «افغانستان یک کشور چندین‌ملیتی و چندین‌مذهبی است. این کشور تنها از طریق هم‌دیگرپذیری اقوام و مذاهب به صلح و ثبات می‌رسد.»
فاطمه نوروزی، باشنده منطقه دشت برچی کابل، می‌گوید: «طالبان با افکار متعصبی که دارند، از هر طریق بالای مردم هزاره و شیعه فشار می‌آورند. منع تدریس فقه جعفری در دانشگاه‌های دولتی و خصوصی ظلم است و بی‌احترامی به آزادی مذهبی مردم.» این پیرو مذهب شیعه می‌افزاید که مردم می‌توانند از طریق مدرسه‌های دینی، مطالعه کتاب‌ها و معلومات موجود در انترنت اطلاعات مورد نیاز خود را تأمین کنند، اما منصفانه نیست که یک محصل شیعه فقه حنفی را در دانشگاه بیاموزد و یک محصل سنی درباره فقه جعفری آگاهی حاصل نکند و تنها به شایعات منفی درباره این مذهب، اکتفا کند.
همچنان مدیر یکی از مجتمع‌های مذهبی در کابل به روزنامه 8صبح می‌گوید که پیروان مذهب شیعه در حال حاضر از احتیاط لازم کار می‌گیرند تا مورد خشم طالبان قرار نگیرند. این عالم شیعه توضیح می‌دهد که افراد طالبان دو مرتبه در مرز اسلام‌قلعه به او اجازه ورود کتابهای فقه جعفری را نداده‌اند. این عالم شیعه قصد داشت شمار معدودی از کتابهای فقهی را از ایران با خود به کشور بیاورد. او در این باره می‌افزاید: «استدلال این بزرگواران [طالبان] این بود که این کتاب‌ها اذهان عمومی را مشوش می‌سازد و درست نیست. من در خلاف‌شان استدلال کردم که اتفاقاً محدودیت کتاب‌ها اذهان عمومی را مشوش می‌سازد و ما نباید جلو نشر معارف را بگیریم.»
این عالم شیعه اضافه می‌کند: «در خصوص ممنوعیت کتابهای فقهی [اهل تشیع] کار درستی نیست. گردش اطلاعات چه در خصوص دینی باشد یا غیردینی، باید آزاد باشد بین مردم و خواننده‌گان به آن دسترسی داشته باشند. کتابهای دینی باید جلوش گرفته نشود، مردم بخوانند، ببینند و سرانجام تصمیم خواننده خواهد بود که از میان معلومات متنوع چه راهی را به خود انتخاب می‌کند.» او ابراز امیدواری می‌کند که رهبران طالبان در این باره تجدیدنظر کنند.
این در حالی است که پیروان مذهب شیعه دومین گروه بزرگ مذهبی در کشورند. طالبان اما به‌گونه آشکار وجود تنوع مذهبی در کشور را انکار می‌کنند. ندامحمد ندیم، سرپرست وزارت تحصیلات عالی زیر اداره طالبان، در ماه قوس سال گذشته خورشیدی هنگام سخنرانی در دانشگاه «سیدجمال‌الدین افغان» در ولایت کنر گفت که در افغانستان هیچ مذهب دیگری به جز مذهب حنفی، وجود ندارد. همچنان وزارت تحصیلات عالی زیر اداره این گروه در زمستان سال گذشته با نشر مکتوبی به همه دانشگاه‌های خصوصی دستور داد تا کتاب‌خانه‌های خود را از وجود کتابهای خلاف فقه حنفی تصفیه کنند. در متن این مکتوب آمده است: «هدایت داده می‌شود که کتاب‌خانه‌های تمام نهادهای تحصیلی خصوصی در افغانستان را تصفیه کنید. تمام کتاب‌هایی که مخالف فقه حنفی، سیاسی و کتاب‌هایی که مشکلات عقیدتی ایجاد می‌کنند را از کتاب‌خانه‌ها جمع کرده و به جای آن‌ها کتابهای سیرت نبوی جای‌گزین کنید.» افزون بر این، تدریس فقه حنفی در دانشگاه‌های دولتی نیز از سوی طالبان ممنوع قرار گرفته است.
