شماری از مراجعه‌کننده‌گان شفاخانه ولایتی بدخشان از پایین‌بودن کیفیت خدمات صحی، کمبود دوا و تجهیزات پزشکی و بی‌توجهی داکتران و پرستاران در این شفاخانه شکایت دارند. آنان می‌گویند با وجود مراجعه بیماران از ولسوالی‌های دور و نزدیک بدخشان، امکانات و خدمات این شفاخانه پاسخ‌گوی نیازهای بیماران نیست.
تعدادی از باشنده‌گان بدخشان که برای رسیده‌گی به مشکلات صحی به شفاخانه ولایتی مراجعه می‌کنند، می‌گویند کمبود امکانات و دوا، ازدحام بیماران و آن‌چه آنان بی‌توجهی داکتران و پرستاران می‌خوانند، روند درمان را با مشکل مواجه کرده است. برخی از آنان می‌گویند با وجود مشکلات اقتصادی، ناچارند دوا و وسایل مورد نیاز بیماران‌شان را از بیرون شفاخانه و دواخانه‌های شخصی تهیه کنند.
مختار احمد (مستعار)، باشنده ولسوالی راغستان، برای درمان همسرش به شفاخانه ولایتی مراجعه کرده است. او می‌گوید همسرش دو روز است در بخش نسایی‌ولادی این شفاخانه بستری است؛ اما به گفته او، داکتران و پرستاران توجه کافی به وی ندارند.
این مرد می‌گوید: «دو روز می‌شود که خانمم در بخش نسایی‌ولادی بستری است، اما هیچ‌کس به او توجه نمی‌کند. دوا و تمام موارد مورد نیاز را از دواخانه‌های بیرون شفاخانه خریداری می‌کنم و می‌آورم. پرستارها به بیمارانی که با آنان آشنایی دارند یا هنگام زایمان به آنان پولی به‌عنوان شیرینی می‌دهند، بیشتر توجه می‌کنند؛ اما به بیماران فقیر توجه نمی‌کنند.»
به گفته مختار احمد، وضعیت اتاق‌های بستری مناسب نیست و چندین بیمار در یک اتاق نگهداری می‌شوند. او ادعا می‌کند که در برخی موارد، دو بیمار هم‌زمان در یک بستر بستری هستند.
محمدصادق (مستعار)، یکی دیگر از مریض‌داران این شفاخانه، می‌گوید برادرش در یک حادثه ترافیکی در مسیر بهارک-فیض‌آباد زخمی شده و دو روز است در شفاخانه ولایتی بستری است. او نیز از پایین‌بودن کیفیت خدمات صحی و آن‌چه بی‌توجهی داکتران و پرستاران می‌خواند، شکایت دارد.
این مرد می‌گوید: «هنگامی که برادرم را به بخش عاجل بردند، فکر می‌کردم به‌دلیل وخیم‌بودن وضعیتش، داکتران زودتر به او رسیده‌گی می‌کنند؛ اما پس از چند دقیقه متوجه شدم که جز یک پرستار، کسی به او توجه نکرد.»
محمدصادق هم‌چنان ادعا می‌کند که در بخش بانک خون این شفاخانه خون کافی وجود ندارد و بیمارانی که به خون نیاز دارند، مجبور می‌شوند آن‌را از بیرون شفاخانه تهیه کنند. به گفته او، برخی خانواده‌ها برای پیدا کردن خون از اعضای خانواده یا از خویشاوندان خود کمک می‌گیرند و یا هم در صفحات اجتماعی فراخوان منتشر می‌کنند.
یکی داکتران شفاخانه ولایتی بدخشان که نخواست نامش در گزارش ذکر شود، وضعیت خدمات صحی این شفاخانه را نسبت به یک‌سال قبل نامطلوب‌تر می‌داند. او می‌گوید که این وضعیت پس از واگذاری قرارداد مدیریت شفاخانه به سازمان توسعهای سنایی«SDO» به وجود آمده است.
به گفته این داکتر، این موسسه در استخدام کارمندان بخش صحی روند جدی و قانونی را رعایت نمی‌کند و هم‌چنان در بخش ارایه خدمات صحی نیز توجه کافی به کیفیت خدمات ندارد.
این داکتر می‌گوید: «از سال ۲۰۰۹ تا حدود یک‌سال قبل قرارداد شفاخانه ولایتی را دفتر آغاخان داشت، اما کم‌تر از یک‌سال می‌شود که طالبان این قرارد را به دفتر SDO یا سازمان توسعهای سنایی داده‌اند. این دفتر نه مدیریت سالم دارد و نه به کیفیت خدمات صحی توجه می‌کند.»
پیش از این نیز بارها شکایت‌ها و نگرانی‌هایی درباره وضعیت خدمات صحی در بدخشان مطرح شده است. برخی از باشنده‌گان بدخشان نیز در شبکه‌های اجتماعی از چگونگی ارایه خدمات صحی در این ولایت ابراز نگرانی کرده‌اند.
